As duas construções seriam aceitáveis e deixam entendível o enunciado da frase.
Contudo, o uso do pronome no plural seria o mais recomendado, devido a proximidade imediata com o substantivo, que inclusive também está no plural, reforçando uma combinação de concordância perfeita:
Conjunto de três estojos meus.
Se quer expressar o possessivo em relação ao conjunto, melhor que dissesse
"Meu conjunto de três estojos"
Distanciar e inverter o possessivo do substantivo, como em "Conjunto de três estojos meu", pode não ficar legal, e evitar isso seria bom para não dar azo a certa ambiguidade.
E depois, a própria ideia de "posse" em relação aos estojos também soa mais concreta, né.