Por pura convenção social...
Desde a época dos romanos, a identidade juridíca estava relacionada à casa do pai. Herança, terra e títulos estava ligada ao sobrenome masculino... A função do sobrenome para o direito daquela época era localizar a pessoa dentro de uma linhagem familiar, não era para ser um rastreio que reflete toda a complexidade da família. Na Inglaterra, era juridicamente irrelevante ter o nome da mãe. Você é registrado com o primeiro nome, nome do meio (não é sobrenome, é um segundo nome) e sobrenome do pai... A linhagem feminina desaparece do registro porque, de novo, servia para nada. As mulheres abandonavam seus sobrenomes paternos e recebiam os sobrenomes de seus maridos. Esse modelo é exportado para os países anglófonos por meio da Common Law.
Nos países ibéricos foi um pouquinho diferente...
Ainda era um sistema patriarcal... O sobrenome do pai ainda era prioridade e o que definia sua posição jurídica. Só que eles reconheciam a linhagem materna como complementar. O sobrenome da mulher ainda tinha relevância devido à questões de alianças e/ou dote. O sobrenome da mulher tinha relevância... Aqui, sim, o sobrenome vai servir de rastreio genealógico para identificar alianças familiares. A ordem foi só convenção também. Na perspectiva dos espanhóis, a linhagem principal deveria ser a primeira a aparecer no registro... E, para os portugueses, a linhagem principal deveria ser a última. Cada um exportou isso para suas respectivas colônias.
Gosto demais dos conceitos de amnésia da gênese e ilusão naturalista de Pierre Bourdieu. Vale a pena pesquisar.