Sim a Igreja Católica participou da perseguição aos hereges, inclusíve papas já pediram perdão à humanidade.
Nas perseguições, eram empregadas torturas e das condenações à morte, geralmente eram executadas pelo poder civil, muitas vezes após julgamento e entrega do condenado pelas autoridades eclesiásticas, considerando o grande poder da Igreja.
Entretanto, essa intolerância não pode ser aplicada contra os católicos de hoje. Devemos reconhecer que o pensamento da época foi um capítulo sombrio da História. É importante lembrar também que a perseguição religiosa não foi exclusividade só do catolicismo.