Na verdade, não viola. Não existe uma unanimidade entre os filósofos da ciência sobre o que seja uma lei natural. No entanto, as três principais teorias são a teoria regulatória, a teoria da necessidade nômica e a teoria das disposições causais. Em nenhuma delas faz sentido dizer que um milagre seria uma violação da lei:
De acordo com a teoria regulatória, as leis da natureza são apenas descrições das de como as coisas acontecem no mundo. Uma lei é uma descrição generalizada de tudo o que acontece. Portanto, nenhum evento “viola” uma lei natural, porque tudo o que acontece é simplesmente incluído na descrição. Milagres, nesse contexto, simplesmente entram na descrição da realidade, não a contradizem.
De acordo com a teoria da necessidade nômica, as leis naturais indicam o que pode ou não acontecer. Contudo, como as leis nessa teoria são generalizações universais indutivas, se um evento contrário ocorresse (como um milagre), a lei seria revista para incorporar esse evento. Assim, milagres não violam as leis, mas podem levar a uma reformulação delas.
De acordo com a teoria das disposições causais, as leis naturais refletem disposições essenciais das coisas, por exemplo, o sal tem a disposição de se dissolver em água. Se, pela ação de Deus, o sal não se dissolvesse na água, a lei natural não seria transgredida porque ainda é verdade que o sal tem essa disposição. Portanto, um milagre não quebra as leis, pois a disposição da coisa permanece verdadeira, mesmo que Deus intervenha e impeça o evento natural. Milagres não contradizem as leis naturais, apenas envolvem uma intervenção sobrenatural que altera o curso natural dos eventos. Vale lembrar também que o próprio cientista não concebe a lei como algo imutável no sentido de que as coisas sempre acontecem daquela maneira. Sempre que ele observa uma anomalia, ele não conclui que a lei foi violada. Ao invés disso, ele conclui que fatores naturais desconhecidos estão interferindo no experimento. Existem suposições coeteris paribus implícitas.
Enfim, independentemente da teoria que se adote sobre o que é uma lei, permanece o fato de que as leis descrevem o que acontece uma vez que o universo seja causalmente fechado. Portanto, se um milagre ocorresse, não haveria violação de nenhuma lei, pois o universo não seria causalmente fechado no momento em que Deus interviesse. Porém, acho difícil comprovar diretamente o milagre cientificamente, mas o que pode ser feito é confirmar cientificamente fatos que podem ser melhor explicados pelo milagre.