A Lei Maria da Penha cobre apenas e exclusivamente casos de violência doméstica e/ou familiar. Se você bater numa mulher trans ou cis aleatória na rua, você não responde pela Lei Maria da Penha... Você responde por outros crimes, como lesão corporal.
Dentro desse contexto de violência doméstica e/ou familiar, sim, a Lei Maria da Penha abrange tanto mulheres quanto homens trans. Abrange até homens gays e mulheres lésbicas, mas não chega a ser de forma automática... Só se for dentro de um contexto de união homoafetiva e se for comprovado que o lado agredido estava numa situação de vulnerabilidade, ou seja, numa dinâmica relacional de hierarquização, subjugação ou subalternidade. Tem que ser comprovada assimetria de poder.
Numa relação entre uma mulher trans e um homem trans, evidentemente a Lei Maria da Penha aplica-se à vítima da agressão.