A criação da Junta de Higiene Pública em 1850 foi motivada pela devastadora epidemia de febre amarela que atingiu o Rio de Janeiro na virada de 1849 para 1850.
O surto paralisou a capital do Império, causou milhares de mortes e forçou o governo de Dom Pedro II a centralizar as ações de saúde e saneamento para tentar conter a propagação da doença.