Nos hospitais militares do Brasil colonial, a hierarquia médica era relativamente simples e seguia o modelo português.
A autoridade administrativa do hospital geralmente ficava subordinada ao comando militar local, enquanto as decisões sobre tratamento cabiam aos profissionais de saúde. Em campanhas e fortalezas, a falta de médicos formados fazia com que cirurgiões e práticos assumissem grande parte dos cuidados médicos.
Assim, a hierarquia costumava seguir a ordem: médico (físico) → cirurgião-mor → cirurgiões → boticário → praticantes → enfermeiros e serventes.